目前，質量高的視頻顯微鏡同時具有普通光學顯微鏡和數碼相機的功用，使得在顯微鏡視界中的圖像以更高明晰的方式出現在如今視屏上。作為一種較為精細的光學儀器，人們在運用過程中應該嚴謹按照操作標準操作，以期較好發揮視頻顯微鏡功能。

1.留意清潔

視頻顯微鏡是光學精細儀器，在運用時要特別留神，運用前要熟習視頻顯微鏡的構造和功用，查看各總零件能否完好無缺，鏡身有無塵埃，鏡頭能否清潔，做好必要的清潔和調整作業。運用前應將鏡身擦洗一遍，用擦鏡紙將鏡頭擦凈（切不可用手指擦抹）。若遇到鏡臺或鏡頭上有油，可用擦鏡紙沾取少數二甲苯將其擦去。

2.正確調整光源

視頻顯微鏡對光時應防止直射光源，因直射光源影響物像的明晰，損壞光源設備和鏡頭。人們可經過擴展或減少視頻顯微鏡光圈、升降聚光器，以及旋轉反光鏡調整光線。普通準則為：凡查看染色標本時，光線應強；查看未染色標本時，光線不宜太強。低倍鏡察看光線宜弱，高倍鏡察看光強宜強。

3.按照正確順序

視頻顯微鏡的運用時有一定的順序可服從，查看的標本須先用低倍鏡察看，由于低倍鏡視界較大，易發現式樣和方位。同時，應該先漸漸旋轉粗調理輪，當在視界內呈現物象后，改用細調理輪，上下緩緩滾動，直至視界內獲得明晰的物象。認真調整，肯定并將需進一步要調查的部位移至視界中心，然后用高倍鏡調查。

總而言之，運用者要想較好發揮視頻顯微鏡功用，就需要留意清潔，正確調理光源，按照正確程序。